SMP Tahfidz Al Qomar menyelenggarakan 8 program unggulan untuk mencetak generasi yang berakhlak mulia, berprestasi, dan menguasai berbagai bidang keahlian:
- Boarding School (Wajib tinggal di PP. Mazro'atul Lughoh)
- Kelas Tahfidz (Kerjasama dengan PP Hamalatul Quran Jogoroto)
- Kelas Bahasa Inggris (Kerjasama dengan Genta English Course)
- Akademik (Science)
- Akademik (TKA)
- Literasi Digital
- Network School Program
- Ekstrakurikuler (Pramuka, B. Inggris, Jepang, Mandarin, Arab, Kaligrafi, Banjari, Public Speaking)